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上海交通大学医学院附属新华医院（原上海第二医科大学附属新华医院）创建于1958年，是新中国诞生后在上海兴建的首家综合性教学医院。近五十年来，新华人以治病救人、诚信服务、树立良好公众形象为突破口，以改善服务、规范医疗行为为工作重心，在全社会的关心下，通过全体员工的励精图治，医院管理不断优化，医疗水平不断提高，医疗业务不断攀升，服务意识不断增强，教学科研不断进步，医院环境不断美化，使医院成为一所专业特色显著、学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的特大型、综合性教学医院。1993、1995年分别被国家卫生部授予三级甲等医院和爱婴医院称号。80年代以来，三次荣获全国先进集体称号，七次被评为上海市文明单位。
医院拥有两个临床基地：新华院本部和上海儿童医学中心；拥有四所市级研究机构：上海市儿科医学研究所、上海市小儿先天性心脏病研究所、上海市发育生物学重点研究室和上海市环境与儿童健康重点实验室；拥有两个上海市临床医学中心：小儿心血管病临床医学中心和小儿外科畸形矫治临床医学中心；拥有上海交通大学医学院的三个分支医学院：儿科医学院、新华临床医学院和儿科继续教育医学院；还拥有新华医疗开发公司、新华泛亚医疗投资管理有限公司和上海康欣假肢厂。近年来，通过对医疗市场的细致分析，医院作为核心医院与上海交通大学医学院附属宝钢医院、崇明堡镇人民医院共同组建了的新华医院集团；并在各级领导的关心下，尤其在杨浦区区委、区府和区卫生局的大力支持下，杨浦区中心医院已成为医院的分院。2005年末，医院编制完成了《“十一五”发展规划》，为全面、协调、可持续地发展奠定牢固的基础。
目前，医院核定床位数1586张（包括上海儿童医学中心床位358张），设有44个临床科室，66个专业，8个校级研究室，营养、超声、激光美容等六个诊治中心，还设有WHO新生儿保健合作中心、卫生部遗传医学新生儿筛查及遗传代谢病中心、卫生部推广模式单位的新生儿听力筛查中心等。2005年医院门急诊总量达到262余万人次，出院病人次44,899人次。儿科学成为国家教育部重点建设学科、上海市重点学科、上海交通大学医学院211工程重点建设项目；小儿心血管学科成为上海市医学领先学科；儿童血液肿瘤科、儿童保健科、临床营养中心成为上海市医学重点学科；消化内科专业成为国家教育部重点建设学科、上海交通大学医学院211工程重点建设项目；儿内科成为上海市教委第三批重点学科；眼科、普外科（胰腺）成为上海交通大学医学院重点建设学科；耳鼻咽喉—头颈外科、泌尿外科、心血管内科、皮肤科、骨科为院级重点学科。这些重点学科和特色专业大多站在医学科学、生命科学的最前沿，共荣获上海市临床医学奖22项，处于国内领先的水平，部分学科跨入了世界先进行列。2005年，医院心律失常射频消融新技术市场扩大；腔镜微创外科覆盖科室扩大，总体水平提高；成人部分科室手术病种结构逐步优化；人工耳蜗临床应用快步发展；疑难白内障手术继续保持领先，近视眼激光治疗新设备运行；小儿心胸外科在年手术量居全世界儿童医院中最多后，进一步开展了Fontan+换瓣术和NUSS术；小儿联体婴儿分离术又有新突破；煤气中毒、食物中毒突发事件应急能力不断提高。
医院在学科调研的基础上采取了“培养和引进”并举的策略，充分开发和利用人力资源，并积极推行新一轮以工作目标为导向的奖金分配方案，强化人力资源柔性流动，使得人才梯队、医护比例、学历结构等要素进一步优化。2005年，在“优青”培养的基础上医院首推“新华医院优秀青年医学人才后”、“新华医院优秀青年医学人才”选拔制度，以选拔、培养一批优秀学科带头人和学科骨干，着力构筑人才建设高地。目前，医院在职职工三千余人中，专业技术人员占职工总人数的83%，其中具有中高级职称的占专业技术人员的46%。医院现有博士生导师42名、硕士生导师181名，设有临床博士后流动站，博士专业点8个，硕士专业点25个；先后培养了本科生5000名、硕士340人、博士112人、博士后3名。医院作为上海交通大学医学院的教学医院，通过学科建设，有效地搭建了提升教学科研水准的最佳平台，成效斐然。科研成果叠出，近五年科研奖项包括有:国家科技进步二等奖、三等奖、中国高校科技进步一等奖、中国高校自然科学进步二等奖、国家教育部科技进步二等奖、中华医学科技三等奖、上海市科技进步一等奖、二等奖、三等奖等30余项。另外，五年来获得专利授权10项；共发表论文1698篇，其中有66篇论文被SCI收录，10篇被ISTP收录，5篇被EI收录；撰写专著51本；获得科研项目164项，科研经费达2406万元。
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